A primeira irregularidade relacciona-se com um relatório da Inspecção-Geral da Segurança Social finalizado em 2000, no qual, foi proposta a extinção da Fundação D. Pedro IV, após os respectivos inspectores terem concluído que a mesma instituição apresentava “irregularidades de gestão” por parte dos seus administradores e que os mesmos retiravam “proveitos pessoais” da sua actividade.
O referido relatório foi ignorado pelo então Inspector-Geral da Segurança Social, o juiz Simões de Almeida, que não submeteu o mesmo relatório à devida apreciação ministerial.
A comissão de moradores referencia igualmente na sua exposição o processo de transferência da Mansão de Marvila (um lar de idosos) da Segurança Social para a gestão da Fundação D. Pedro IV, ocorrida em 2004. O processo mereceu várias reservas por partes dos serviços" e apresentava sinais de que "não era um processo normal".
O mesmo processo contou com a intervenção da então administradora do Instituto de Solidariedade e Segurança Social ISSS, do qual dependia o Centro Distrital de Solidariedade e Segurança Social, que administrava o edifício da Mansão da Marvila e que pertenceu ao conselho fiscal da Fundação D. Pedro IV durante cinco anos, ilegalmente.
A Fundação D. Pedro IV é a actual gestora dos 1451 fogos de habitação social do Bairro dos Lóios e das Amendoeiras desde 1 de Fevereiro de 2005, após ter referido gratuitamente o respectivo património do IGAPHE. Desde então, a Fundação originou uma situação de aumentos abruptos de valores de renda e tem sido alvo de denúncias e suspeitas de várias ilegalidades.