Na queixa, solicita-se que o Tribunal de Contas fiscalize as utilizações de verbas pela administração da Fundação, sobre as quais recaiem as suspeitas de que poderão estar a ser desviadas para outros objectivos, em prejuízo do erário e das finanças públicas.
As utilizações abusivas de verbas da Fundação D. Pedro IV foram suscitadas pela primeira vez através de um relatório realizado pela Inspecção-Geral da Segurança Social entre 1996 e 2000, que propunha na altura a extinção da referida Fundação e que reportava um mau uso das verbas da instituição em proveito próprio dos seus administradores.
O referido relatório foi ignorado na altura pelo então Inspector da Segurança Social, o juiz Simões de Almeida, no entanto, encontra-se presentemente a ser objecto de inquirição do ministério público.